La Banque Centrale a été créée sous la dénomination de « Banque du Royaume du Burundi » par la loi du 9 avril 1964 au lendemain de la scission, provoquée par les autorités rwandaises de l'époque, de la Banque d'Emission du Rwanda et du Burundi (B.E.R.B.), banque centrale commune à ces deux pays depuis le 4 août 1960. Avant cette dernière date, le rôle d'Institut d'Emission était assuré d'abord par la Banque du Congo Belge (B.C.B.), de 1916 à 1952, ensuite par la Banque Centrale du Congo Belge et du Rwanda-Urundi (B.C.C.B.R.U.).
La Banque du Royaume du Burundi a commencé ses activités le 19 mai 1964, après la liquidation de la B.E.R.B.
Cependant, la loi du 9 avril 1964 portait la marque des circonstances dans lesquelles elle fut élaborée et votée. Le pays se trouvait en effet devant la nécessité urgente de mettre sur pied une banque nationale chargée d'assurer sans discontinuité les fonctions monétaires dévolues à la banque commune en instance de liquidation. Aussi cette loi fut-elle rapidement abrogée et remplacée par la loi du 21 janvier 1965 portant approbation des statuts de la Banque du Royaume du Burundi.
A la suite de la proclamation de la République le 28 novembre 1966, la dénomination officielle de la Banque est devenue « Banque de la République du Burundi », le sigle « B.R.B. » restant inchangé (Décret-loi N° 1/60 du 28 avril 1967 portant modification de la loi du 21 janvier 1965).
En prévision de la promulgation de la loi bancaire (Loi N° 1/2 du 3 janvier 1976), il fut procédé à une mise à jour des statuts de la B.R.B. en vue de les mettre en harmonie avec les nouvelles dispositions légales (loi N° 1/1 du 3 janvier 1976 portant modification de la loi du 21 janvier 1965).
Enfin, face aux défis de la déréglementation bancaire et des innovations financières et de la libéralisation de change, il devenait impérieux de revoir certaines dispositions de la loi N° 1/1 du 03 janvier 1976 en vue de doter l'Institut d'émission des structures qui lui permettent de remplir pleinement sa mission. C'est dans ce contexte que la loi N°1/036 du 7 juillet 1993 fut promulguée. Après plus d'une décénie, il a été promulgué la loi N°1/34 du 02 décembre 2008 portant les statuts de la Banque qui sont en vigueur jusqu'aujourd'hui.
